T. cacao è una specie alquanto delicata,
soggetta ad attacchi di patogeni su fiori, frutto, fusto (funghi, e virus) come
pure di parassiti in grado disvilupparsi sulle fave, anche durante la
conservazione e lo stoccaggio.
I principali patogeni, responsabili della
cosiddetta Black Pod
Disease, sono funghi del
genere Phytophtora
(P. palmivora, P. megakarya, P. capsica). Altre patologie fungine sono originate
da Crinipellis perniciosa ("Witches Broom"), Moniliophtora roreri,
Ceratocystis fimbriata. Il principale virus causa di problemi
alle coltivazioni di cacao è il CSSV (Cocoa Swollen Shoo Virus). Tra gli
insetti, particolarmente attivo nel sud est asiatico è la Conopomorpha cramerella (agente del "Cocoa pod
borer"). Altri insetti (lo scarafaggio del cacao, Steirastoma breve, Atta eephalotes
e A. sexdens, Planococcus citri Planoeoccus lilacinus,
Planococcoides njalensis) attaccano
il cacao, variando la loro attività nei differenti continenti di produzione.
Anche le fave di cacao conservate in sacchi (fresche, fermentate e
pre-torrefatte) possono essere contaminate da insetti (lepidotteri e
coleotteri). Le piante di cacao vengono trattate con insetticidi, fungicidi,
acaricidi ed erbicidi nelle diverse aree produttive. I principali pesticidi
utilizzati nella coltura del cacao sono: lindano, dichlorvos, piretrine
glifosate, aldrin, dieldrin. Fra i fumiganti, il bromuro di metile; fra gli
erbicidi, il paracquat. Spesso le fave in fermentazione o in essiccazione sono
soggette a trattamenti post-raccolta per evitare lo sviluppo di muffe e
insetti. Le fave, prima del trasporto via nave, vengono fumigate con bromuro di
metile. Nei paesi dove avviene la trasformazione, viene spesso ritrattato con
quantità bassissime di dihlorvos. Il cacao viene pulito, vagliato secondo la
qualità e le dimensioni delle fave. Anche durante l'insilaggio che precede la
trasformazione, si eseguono fumigazioni per prevenire lo sviluppo di parassiti.
Secondo il Protocollo di Montreal,
produzione e uso di bromuro di metile sono banditi dal 2005 nei paesi
sviluppati (2015 nel resto del mondo). Adesso si sperimentano metodiche di
conservazione trattamento innovative per ridurre l'uso di sostanze
potenzialmente tossiche. In particolare si sperimentano tecniche di
conservazione a pressione ridotta (10-50 mmHg). In queste condizioni, uova (le
più resistenti), larve, pupe ed insetti adulti vengono eliminati in tempi
brevi. L'uso delle radiazioni ionizzanti rappresenta un successivo approccio
sperimentale perseguito per la stabilizzazione delle fave. Anche durante
l'insilaggio che precede la trasformazione, si compiono fumigazioni per
prevenire lo sviluppo di parassiti.
